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本校肇始於民國十一年四月奉准設立北門那七十二分教場,借助民房上課,同年六月建新社於城中里〈土城路一九五號〉,民國廿四年獨立定名土城公學校,廿九年九月重建新校舍於城東里三十二號〈今校址〉,民國三十四年八月,台灣光復後陳春發先生為首任校長,翌年一月改稱為臺南市安南區土城國民學校。二月廖承堯先生為第二任校長。
之後郭文生、黃朝家、蘇連益、鄭和信、蔡財根、陳中和、黃紹裘、鄭和信、劉國鈞、陳永派相繼接任,鄭和信校長兩度進出土城,陳永派校長則於五十一年八月繼任第十二任校長,任期十二年最久,承襲歷任傅統,大力推動生活教育,注重體育活動,當時男童足、棒球,女童排、籃球以及田徑隊在本市赫赫有名,民國五十七年政府全面實施九年國教,改稱土城國民小學,民國六十三年十二月林恒先生懋繼任第十三任校長,七十年一月陳玉郎先生到職,七十五年八月高冠次先生繼任,以上四位在土城任期較久,建樹不少,高冠次校長更在政府大力推動發展與改造國民教育初期,新建北棟、東棟教室及玄關,於七十八年八月完工,九月家長會捐贈基金新台幣參拾萬元設置獎學金,鼓勵學子勉力向上。
民國八十年十一月毛永清校長奉調本校校長,先後完成新建校門、警衛室、前庭鋪設柏油路面、動工興建學生活動中心、教材園以矮仙丹作「土城」造型,建長廊花架,並獲家長會及熱心人士捐贈機苗,八十一年家長會更捐贈獎學金陸拾萬元,作為每年獎勵學行績優學生,藉以激發向學精神。八十三年本校榮獲省府表揚八十二學年度綠化、美化校園考評績優學校。同年十月城西分班改建教室及廁所完工。
民國八十四年三月張武吉先生接任校長,亦以塑造美麗的教學環境為己任,完成南棟地下室新建及廁所修建工程、操場鋪設pu、司令台重建、興建午餐廚房、校園美化綠化、增建教室作為圖書館、拆除舊宿舍,並爭取重劃基金,規劃校園整治工程,辦理發包並開始施工,八十六年本校榮獲八十五學年度國民小學 加強環境教育督導考核績優學校。
同年八月,陳群雄先生繼任第十八任校長,承襲著歷任校長、家長會及社會熱心人士所遺留下來的福蔭,繼續倡導民主化的領導,重視學生的生活教育與品德教育,配合有朝氣的家長會與年輕的教師群,期望營造更佳的學習環境。推動生活英語教學、讀經教學、生命的教育、親職教育,營造書香校園,承辦全市校園環境管理策略研討會,家長會捐贈三十萬元設置「家長教師聯誼室」;遵循教育政策小班制,發包增建新教室,校園整治工程亦在八十七年三月竣工。八十八年二月曹源淙先生接任第十九任校長。
本校歷史悠久,校風純樸,建校迄今將屆八十年,由於歷任校長、全體教職員工精誠團結,結合熱心的家長會及地方民代、社會人士全力協助,本校培養出不少各層中堅人才,服務社會,嘉惠人群,今後尚祈各級長官、社會人士、學生家長不吝指教支持,促使本校更進步,使本校成為學子心目中快樂學習的好園地。
民國八十八年八月,王澤瑜先生經台南市校長遴選委員會遴聘為第二十任校長,並期許以科技、人文為土城地方教育開創更美好的未來。